प्रत्येक स्त्रीच्या बीजकोषात दर महिन्याला  पाळी येऊन गेल्यानंतर बीज तयार व्हायला सुरुवात होते. यासाठी  मेंदूतील हायपोथालेमस मधून गोनाडोट्रोपिन रीलीजिंग हार्मोन (बिजोत्पत्ती साठी आवश्यक हार्मोन्स स्रवाण्याला प्रवृत्त करणारे हार्मोन) स्रवते आणि या हार्मोनच्या प्रभावाने एफ.एस्.एच. (फॉलीकल स्टीम्यूलेटिंग हार्मोन) आणि एल.एच. (ल्युटीनायझिंग हार्मोन) हे दोन हार्मोन्स पीट्युटरी ग्रंथीतून स्त्रवतात. स्त्रीमध्ये उत्तम बीजांड  निर्माण होऊन ते पुरेसे वाढून त्यातून स्त्रीबीज बाहेर पडण्यासाठी या दोन्ही हार्मोन्सचे संतुलन असणे गरजेचे असते. पी.सी.ओ.एस्. मध्ये काही कारणांनी एफ.एस्.एच. (फॉलीकल स्टीम्यूलेटिंग हार्मोन) पेक्षा एल.एच. (ल्युटीनायझिंग हार्मोन) चे प्रमाण जास्त असते. त्यामुळे बीजांड निर्मिती, वाढ, आणि त्यातून स्त्रीबीज बाहेर पडणे या प्रक्रिया व्यवस्थित होत नाहीत. त्यामुळे बीज अपूर्ण वाढून तसेच बीजकोषात पडून राहते. यांनाच सिस्ट किंवा गाठी समजले जाते. प्रत्यक्षात या गाठी नसून अपूर्ण वाढलेले बीजांडे असतात. बीजांडांची वाढ अपूर्ण राहील्याने पाळी वेळेत येत नाही.

अतिरिक्त चरबीस्थूलता

हे लक्षण पी.सी.ओ.एस्. चा परिणाम म्हणून दिसते तसेच हे पी.सी.ओ.एस्.चे कारणही असते. आहारातील चुकीच्या सवयींमुळे जास्त उष्मांक आणि जास्त शर्करा (कार्बोहायड्रेट्स) घेतले जातात. त्यात आपल्या दैनंदिन हालचाली कमी झाल्या आहेत. त्यामुळे ती शर्करा वापरली जात नाही. ही अतिरिक्त शर्करा पेशींमध्ये साठविली जाते. अतिरिक्त शर्करा शरीरात चरबीच्या स्वरुपात साठून राहते. त्यामुळे स्थूलता वाढते. जितकी स्थूलता वाढते तितका इन्शुलीन अवरोधही वाढू लागतो. तसेच इन्शुलीन हार्मोन हे गोनँडोट्राँफिन रीलीजिंग हार्मोनचा स्राव वाढविते. जे एल.एच. (ल्युटीनायझिंग हार्मोन)चा स्राव वाढविते, जे अँन्ड्रोजेन हार्मोन्स (पुरुषी हार्मोन्स) वाढविते . हे एक चक्र तयार होते.